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Pthon批量處理將pdb文件生成dssp文件

2020-02-23 01:38:20
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供稿:網友
# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015@author: chaofn"""import os"""這個程序的目的是將linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目錄中的所有文件(一共有215個文件)批處理將pdb文件生成dssp文件"""#listdir返回文件名的列表fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')#遍歷整個列表for i in range(len(fileLine)-1):  #將字符串用變量表示  input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]  #先去掉文件名的后綴,然后形成后綴為dssp的文件名  out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'  output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file  #注意:參數的傳遞(先是%s,然后是%變量名),多個變量的傳入要用元組表示,在元組前用%  os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))

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