基本的差別：MyISAM類型不支持事務處理等高級處理，而InnoDB類型支持。MyISAM類型的表強調的是性能，其執行數度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持，而InnoDB提供事務支持以及外部鍵等高級數據庫功能。
以下是一些細節和具體實現的差別：
1.InnoDB不支持FULLTEXT類型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具體行數，也就是說，執行select count(*) from table時，InnoDB要掃描一遍整個表來計算有多少行，但是MyISAM只要簡單的讀出保存好的行數即可。注意的是，當count(*)語句包含 where條件時，兩種表的操作是一樣的。
3.對于AUTO_INCREMENT類型的字段，InnoDB中必須包含只有該字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立聯合索引。
4.DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作對InnoDB是不起作用的，解決方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，導入數據后再改成InnoDB表，但是對于使用的額外的InnoDB特性(例如外鍵)的表不適用。
另外，InnoDB表的行鎖也不是絕對的，假如在執行一個SQL語句時MySQL不能確定要掃描的范圍，InnoDB表同樣會鎖全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
主要差別：兩種類型最主要的差別就是Innodb 支持事務處理與外鍵和行級鎖。而MyISAM不支持.所以MyISAM往往就容易被人認為只適合在小項目中使用。
作為使用MySQL的用戶角度出發，Innodb和MyISAM都是比較喜歡的，如果數據庫平臺要達到需求：99.9%的穩定性，方便的擴展性和高可用性來說的話，MyISAM絕對是首選。
原因如下：
1、平臺上承載的大部分項目是讀多寫少的項目，而MyISAM的讀性能是比Innodb強不少的。
2、MyISAM的索引和數據是分開的，并且索引是有壓縮的，內存使用率就對應提高了不少。能加載更多索引，而Innodb是索引和數據是緊密捆綁的，沒有使用壓縮從而會造成Innodb比MyISAM體積龐大不小。
3、經常隔1，2個月就會發生應用開發人員不小心update一個表where寫的范圍不對，導致這個表沒法正常用了，這個時候MyISAM的優越性就體現出來了，隨便從當天拷貝的壓縮包取出對應表的文件，隨便放到一個數據庫目錄下，然后dump成sql再導回到主庫，并把對應的binlog補上。如果是Innodb，恐怕不可能有這么快速度，別和我說讓Innodb定期用導出xxx.sql機制備份，因為最小的一個數據庫實例的數據量基本都是幾十G大小。
4、從接觸的應用邏輯來說，select count(*) 和order by 是最頻繁的，大概能占了整個sql總語句的60%以上的操作，而這種操作Innodb其實也是會鎖表的，很多人以為Innodb是行級鎖，那個只是where對它主鍵是有效，非主鍵的都會鎖全表的。
5、還有就是經常有很多應用部門需要我給他們定期某些表的數據，MyISAM的話很方便，只要發給他們對應那表的frm.MYD,MYI的文件，讓他們自己在對應版本的數據庫啟動就行，而Innodb就需要導出xxx.sql了，因為光給別人文件，受字典數據文件的影響，對方是無法使用的。
6、如果和MyISAM比insert寫操作的話，Innodb還達不到MyISAM的寫性能，如果是針對基于索引的update操作，雖然MyISAM可能會遜色Innodb,但是那么高并發的寫，從庫能否追的上也是一個問題，還不如通過多實例分庫分表架構來解決。
7、如果是用MyISAM的話，merge引擎可以大大加快應用部門的開發速度，他們只要對這個merge表做一些select count(*)操作，非常適合大項目總量約幾億的rows某一類型(如日志，調查統計)的業務表。
當然Innodb也不是絕對不用，用事務的項目就用Innodb的。另外，可能有人會說你MyISAM無法抗太多寫操作，但是可以通過架構來彌補。