先說一下最常見基本的系統瓶頸：

1、硬盤搜索?，F代磁盤的平均時間通常小于10ms，因此理論上我們每秒能夠大約搜索1000次，這樣我們在這樣一個磁盤上搜索一個數據，很難優化，一個辦法就是將數據分布在多個磁盤。
2、IO讀寫。就磁盤來講，一般傳輸10-20Mb/s，同樣的，優化可以從多個磁盤并行讀寫。
3、CPU周期。我們將數據讀入內存后，需要對它進行處理并獲取我們需要的結果。表相對于內存較小時常見的限制因素。但是對于小表，速度通常不成問題。
4、內存帶寬。當CPU需要的數據超出CPU緩存，主緩存帶寬就成為內存的一個瓶頸。

再說一下mysql設計上邊的瓶頸：（本人了解一下它的數據庫引擎，wiki上邊說的一些缺陷）
MyISAM是MySQL的默認數據庫引擎 (5.5版之前)，由早期的ISAM所改良。雖然性能極佳，但卻有一個缺點：不支持code error!（transaction）。不過，在這幾年的發展下，MySQL也導入了InnoDB (另一種數據庫引擎)，以強化code error!與并發違規處理機制，后來就逐漸取代MyISAM。
每個MyISAM數據表，皆由存儲在硬盤上的3個文件所組成，每個文件都以數據表名稱為主文件名，并搭配不同擴展名區分文件類型：
.frm－－存儲數據表定義，此文件非MyISAM引擎的一部份。
.MYD－－存放真正的數據。
.MYI－－存儲索引信息。

1、InnoDB可借由交易記錄檔 (Transaction Log) 來恢復程序崩潰 (crash)，或非預期退出所造成的數據錯誤；而MyISAM遇到錯誤，必須完整掃描后才能重建索引，或修正未寫入硬盤的錯誤。InnoDB的修復時間，大略都是固定的，但MyISAM的修復時間，則與數據量的多寡成正比。相對而言，隨著數據量的增加，InnoDB會有較佳的穩定性。
2、MyISAM必須依靠操作系統來管理讀取與寫入的高速緩存，而InnoDB則是有自己的讀寫高速緩存管理機制。(InnoDB不會將被修改的code error!立即交給操作系統) 因此在某些情況下，InnoDB的數據訪問會比MyISAM更有效率。
3、InnoDB目前并不支持MyISAM所提供的壓縮與 terse row formats，所以對硬盤與高速緩存的使用量較大。因此MySQL從5.0版開始，提供另一個負載較輕的格式，他可減少約略 20% 的系統負載，而壓縮功能已計劃于未來的新版中推出。
4、當操作完全兼容ACID (code error!) 時，雖然InnoDB會自動合并數筆連接，但每次有code error!產生時，仍至少須寫入硬盤一次，因此對于某些硬盤或磁盤陣列，會造成每秒200次的code error!處理上限。若希望達到更高的性能且保持code error!的完整性，就必使用軟盤高速緩存與電池備援。當然 InnoDB 也提供數種對性能沖擊較低的模式，但相對的也會降低code error!的完整性。而MyISAM則無此問題，但這并非因為它比較先進，這只是因為它不支持code error!。