Linux 機器根本不用整理硬盤，這就是為什么沒有看到過 Linux 用戶整理硬盤。Linux 的文件系統是比 Windows 的 FAT, FAT32, NTFS 高明得多的文件系統，它們不但可以對文件設置權限，實施完全的保護，而且可以“越用越整齊”，“越用碎片越少”！你應該把文件大部分放在 Linux 的分區，而不是 Windows 分區，因為它比 Windows 分區可靠得多。
由于大多數科學家，工程師用的都是 Linux 或者某種商業 UNIX, 所以幾乎所有商業的科學工程程序，比如 Matlab, Mathematica, AutoCAD, Candence的，Synopsys的，Avant! 的……全都是先有 UNIX 的版本(包括Linux)，然后再考慮移植給 Windows，甚至根本不移植給 Windows，因為 Windows 的機器一般沒有足夠的能力運行這樣的程序。
在 Linux 下用 free 命令，你會發現你的內存幾乎每時每刻都快要被用完。那是因為 Linux 把大部分內存用來作為磁盤緩沖了。Linux 有比 Windows 先進的磁盤緩沖技術。你有沒有發現你往硬盤寫數據的時候，很快就完成了？那是因為 Linux 在內存里有很多磁盤緩沖區，你要寫到硬盤上的數據先被寫到了這些內存里，然后 Linux 就告訴你“拷貝完成”，當你馬上又想刪除剛才寫入的某些數據時，Linux 只是把數據從內存里移除，然后報告“刪除完成”。在一定的間隔時間后，Linux 才把數據寫回硬盤，這樣不但高效，避免了多次硬盤操作，而且減少了文件的不連續，也就是減少了“碎片”。Windows 當然也有磁盤緩沖，但是由于它內存管理的低效率，它不敢把大量內存都用來作為磁盤緩沖，因為它沒有能力在用的時候隨時把內存收回來。
IBM 制造的最大的并行計算機有 8000 多個處理器，Windows 不可能有能力管理這么多處理器，它用的是什么操作系統？答案是 Linux。
當然 Linux 不是萬能的。它也有不能干的事情，電腦也有干不了的事情。但是 Linux 干不了的事情，Windows 肯定也干不了。這些事情就是我們需要探索，需要努力的事情了。在你探索的過程中，Linux 必定是你的好伙伴。
Shell: bash。我使用 bash 的 vi 命令行方式。
編輯器： VIM, Emacs
程序開發： GCC, make, ld, Scheme48, j2sdk, Perl, Python, Tcl/Tk ...
論文，幻燈工具：LaTeX, ConTeXt
繪圖工具：MetaPost。這個語言太強了，以至于我只用它了。你不熟悉的話可以用 dia 來畫一些流程圖之類的圖片。
圖像處理：ImageMagick。其中的 import 程序可以屏幕抓圖，convert 程序可以轉換圖像格式，display 可以顯示圖片和簡單編輯(縮放，換質量，轉格式，簡單繪圖，簡單慮鏡)。通常我就這么點需要。如果你要更強大的圖像工具可以用 Gimp, 它幾乎和 Photoshop 差不多。
自動管理工具：make。我可以用make來自動編譯程序，自動編譯文檔，自動更新插圖…… 全自動，而且不會重復勞動。
打包，壓縮程序。什么都有: tar, gzip, bzip2, zip, rar, ...
虛擬光驅程序。Linux 不需要虛擬光驅程序，直接 mount 就行了。
ftp 服務器：proftpd, vsftpd
WWW 服務器：apache。(我一般沒有開)
ftp 客戶程序：lftp
自動下載工具：wget
虛擬終端：rxvt, xterm, gnome-terminal, mlterm, ...
X server: XFree86
窗口管理器：FVWM。編譯加入了 libstroke。
中文輸入：XSIM。被我修改過以適應 FVWM 的需要。另外推薦你還可以用 SCIM。
email 處理：Mutt + Postfix + fetchmail
看 PDF, PS, DJVU 文件：Acrobat Reader, xpdf, GhostScript, gv, djvu工具包和 netscape 插件。
看CAJ文檔。我從來不看CAJ之類的文檔，如果找不到PDF或PS，直接去圖書館借最好。
看網頁：Mozilla, Phoenix, lynx。Mozilla-Xft 的顯示效果比 IE 好很多。
英漢字典：IBM智能詞典，星際譯王。
編輯網頁：我用 VIM 直接寫 HTML。你如果想要圖形方式的可以用其它的比如 screem, BlueFish。
登錄其它 UNIX, Linux 機器：openSSH, telnet。 openSSH 還可以把其它機器的 X 程序通過 ssh 加密的隧道傳到我機器上顯示。
放錄像：MPlayer, RealPlayer。MPlayer 太好了，直接就可以放 VCD, DVD, divx, wma, wmv ... 。rm 最好還是用 realplayer 放，它也是免費的。
放音樂： xmms
