根目錄下建立更為復雜的目錄層次結構。對于簡單的應用程序則完全可以簡單的經這些文件放在根目錄下。

/WEB-INF/web.xml：web.xml文件用于配置Web程序，它被稱為Web應用程序部署描述器(Web application Deployment Desicription)。他是一個用來描述Servlet和其他Web應用程序組成部分以及它們的初始參數等屬性的XML文檔。

/WEB-INF/classes:這個子目錄用于存儲所有java類文件和相關資源文件，如圖片、語言信息等。這些類文件可能是servlet，也可能是普通的Java類。需要注意的是，如果一個類文件屬于某個包（package），則需要將整個目錄層次結構放置于classes目錄下。

/WEB-INF/lib:該子目錄用于存放Web應用程序所需的所有庫文件，這些庫文件是以壓縮的.jar文件格式存儲的，它包含所有Web應用程序所需的類文件和相應的資源文件。比如，一個電子商務應用需要訪問Oracle，就需要將要使用的JDBC驅動程序庫文件都放置于lib目錄下。